Tokyo, XXIe siècle. Pour enrayer le réchauffement climatique, les villes du monde entier sont sommées d'accélérer leurs politiques de reforestation urbaine. Akira, un jeune lycéen, prend le métro tokyoïte pour retrouver Yui, l'amie à qui il n'a jamais su avouer ses sentiments. Mais suite à une soudaine coupure de courant, lui et d'autres passagers  se retrouvent bloqués sous terre.  Quand enfin Akira regagne la surface, le monde n'est plus le même  : des plantes gigantesques se sont mises à attaquer les humains...

Conformément aux prédictions d'Eudyptes, Akihabara est assailli par un essaim de bombyx qui transforme le quartier en un véritable enfer. Akira et ses compagnons tentent de se défendre avec les armes que leur ont fournies les artisans de Kanae, mais le combat tourne rapidement à l'avantage des insectes et de la néo-humaine qui les dirige. Mais alors que tout semble perdu, les liens unissant Akira et Eudyptes sont finalement révélés, ouvrant la voie à une riposte impitoyable !

Grâce aux conseils stratégiques d'Eudyptes, lequel a remonté le temps afin de sauver l'humanité de l'extinction, Akira et ses compagnons parviennent finalement à vaincre la néo-humaine et les bombyx géants qu'elle contrôlait. Mais la menace prend alors une autre forme, rendant plus incertaine encore l'issue du combat... Un chapitre se referme tandis qu'un autre commence avec celle qu'Akira s'est juré de retrouver : Yui !